哈尔滨医科大学档案馆成立于2000年11月，属处级建制，由一名副校长分管档案工作。2013年12月成立哈尔滨医科大学档案工作领导小组。
档案馆位于图书馆楼5层东侧，总建筑面积570平方米，拥有3个库房，库房面积450平方米。档案馆设有文书档案室、教学档案室、科技档案室、数字化加工室，分别负责档案的业务指导、收集整理、提供利用、编研等工作。档案馆设馆长一名，专职档案员5名，全部具有大专以上学历，4名具有硕士学位，1名具有高级职称。
至2017年1月止，档案馆馆藏总数为35799卷和80134件，其中党群类1538卷2060件、行政类1937卷和4193件、教学类21725卷67041件、科研类3672卷4141件、基建类557卷428件、出版类1154卷8件、外事类234卷1795件、财会类5852卷161件、设备类550卷307件、资料501 册、照片6214 张。
近年来，档案馆通过社会征集、馆际合作等方式积极开展校史档案征集工作，其中最重要的成果是2016年3月从哈尔滨市档案馆交换到1945年以前的老哈医大时期的珍贵的校史资料，填补了老哈医大校史档案的空白。
档案馆从2008年开始使用“南大之星”网络版档案管理软件，已经录入32万余条档案信息数据。建成全部馆藏的文件级目录数据库，有重点的推进学生录取名册、学籍表、成绩单等传统载体档案的数字化扫描工作和电子文件的收集工作，稳步推进全文数据库建设。
学校档案馆提供利用的主要方式有，提供档案原件阅览、借出、档案复制件、制发档案证明、学历学位查询、归档单位权限端口自主查询、数字化档案的远程传送等服务。
档案馆于2003年3月正式开通网站，先后进行了两次改版升级。通过网页建设，达到宣传档案工作，架设档案与利用者之间的沟通桥梁的目的，为学校和社会各界利用档案提供了极大的便利。
于哈尔滨医科大学90周年校庆之际，以档案馆为主要力量撰写的校史丛书《哈尔滨医科大学90年大事记》（征求意见稿），经多次修改，于2017年初编印出书，此书以编年体的方式简要而真实地记述了哈尔滨医科大学90年发展历程当中的重要事件和重要数据。
档案馆从2014年开始，在每年的“6.9国际档案日”之际，通过挖掘馆藏校史资源举办专题档案展览，宣传档案工作，连续举办迁校图片展、毕业记忆图片展、校规校章图片展、大事记导读图片展等，通过举办展览，拓宽了档案的宣传途径，使档案工作服务校园文化建设、服务社会民生的能力得到了一定的提高。
2002年4月，档案馆晋升为国家目标档案管理工作二级单位，连续多年荣获省直档案工作先进集体荣誉称号，两次荣获哈医大巾帼优秀团队称号。
馆址：哈尔滨市南岗区保健路157号图书馆楼五层
邮编：150081
电话：0451-86662946 / 0451-86662391 /0451-86668293
